【科研绘图系列】R语言绘制和弦图(Chord diagram plot)

news2025/6/7 12:49:17

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文章目录

    • 介绍
    • 加载R包
    • 数据下载
    • 导入数据
    • 数据预处理
    • 相关性计算
    • 和弦图
    • 系统信息

介绍

本文介绍了一个基于R语言的数据分析和可视化流程,主要用于生成和弦图(Chord Diagram)。和弦图是一种用于展示多个实体之间相互关系的可视化工具,广泛应用于生物信息学、生态学等领域。通过和弦图,可以清晰地展示不同数据集之间的相关性。

数据处理与分析

  1. 数据导入:首先,从本地文件导入两个数据集,分别是代谢物数据(Metabolites.txt)和环境元素数据(Elements.txt)。这些数据通过read.delim函数读取,并进行初步筛选,去除总和为零的行。

  2. 相关性计算:将数据转置后,使用corr.test函数计算相关性,采用Spearman方法,并对p值进行F

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