参考：
http://hdock.phys.hust.edu.cn/

注：本文章是取6BOY这蛋白，下载用pymol划分成DDB1-CRBN部分蛋白与BRD4部分蛋白，用这两个蛋白进行软件的对接测试

https://www.rcsb.org/structure/6BOY

一、HDOCK 蛋白蛋白对接软件使用

hdock支持蛋白与蛋白，也支持蛋白与核酸对接计算

1、离线命令行运行，linux端

1）首先需要申请
http://huanglab.phys.hust.edu.cn/software/hdocklite/
2）申请好后邮箱里会收到软件下载链接，然后下载即可

 wget http://huanglab.phys.hust.edu.cn/software/hdocklite/do******CKlite.tar.gz

3）解压

 tar zxvf HDOCKlite.tar.gz

4）命令

 ./hdock 

5）运行readme测试案例
a、运行对接

./hdock 1CGI_r_b.pdb 1CGI_l_b.pdb -out Hdock.out 

2）提取排top结果

 ./createpl Hdock.out top10.pdb -nmax 10 -complex -models

2、在线网页版

1）上传任务后结果会发到邮箱；

2）这是邮箱收到运行结果链接打开效果

3）可以下载pdb文件进行后续任务，pymol加载

二、LZerD网页在线对接

参考：
https://lzerd.kiharalab.org/upload/


结果：

看效果比HDOCK 要好些