生信初学者必知的镜像设置

news2025/7/8 0:00:54

文章目录

    • Ubuntu镜像
    • conda镜像
    • R语言镜像
    • Python镜像
    • Julia镜像

国内网络问题很烂,大家都知道,github、pubmed这些网站经常访问不了!

如果你平常会用到Ubuntu、conda、R语言、Python、Julia, 那你肯定为安转各种包、库、软件而烦恼过!

由于众所周知的原因,这些东西我们的网络访问不了,所以导致你安装库、包、软件时总是失败、下载不完整。

但其实,这些东西都是有镜像的!

只要你换了国内的镜像,下载就会嗖嗖的变快,再也不愁网络问题了!

今天给大家介绍常见的镜像,初学R语言或者生信,这些东西必须得学会!

Ubuntu镜像

主要是更改apt的镜像,让你安装软件更快。

大家可以去清华大学开源镜像站,查看使用方法及镜像源,apt镜像网址也给大家

image-20220612120705571

conda镜像

更改conda镜像也是为了让你下载软件变快,不在出现不能下载、下载不完全的问题。推荐大家使用北外的镜像站,清华大学的conda镜像站总是出问题。北外conda镜像站网址。

conda软件安装包也可以在这里下载哦:

image-20220612121007894

R语言镜像

在R语言里面需要更改2个镜像,才能顺利下载安装R包,cran的镜像可以通过Rstudio点点点实现更换,bioconductor镜像需要自己设置

每次在安装bioconductor前,先运行下面这句代码,实现更换镜像:

options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")

,如果你不想每次都更改,可以把这句代码放在你的.Rprofile文件中,这样每次你打开R,它会自动悄悄的执行!

Python镜像

主要是pip的镜像,也是为了让你安装python库的时候快一点,稳一点!

pip我推荐大家使用阿里云的镜像。

# 临时使用:
pip install -i https://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/ 包名

# 永久使用:
pip config set global.index-url https://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/

# 查看设置结果:
pip config list

# 取消设置:
pip config unset global.index-url

Julia镜像

Julia,简称朱丽叶,朱丽叶在v1.0以前,非常难用,那个时候还没有中国镜像站,非常难以下载!

不过现在有中国镜像站了,社区也丰富起来了,喜欢的小伙伴可以入手了。

首先是朱丽叶这个软件的下载,有中国镜像,不用去官网(你可能打不开官网😂)。

然后是安装朱丽叶第三方扩展包时需要用到的镜像,pkgserver,这里有详细说明,大家按照说明修改即可。

这个网络环境是真的烦,用个软件还得比别人多好几个步骤,还有很多人不知道这些镜像的,天天就耗在下载安装上,时间都白白浪费了!

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