题记网上相关的资料很多了现阶段跟随AI也能少走很多弯路但体验下来依旧有些细节没有被很好的提及故写本文一方面作为自己的备忘录一方面希望帮助更多像我一样的新手。用了上述的配置跑了scanpy一年多了苦于IDE的转换终于在掌握了一定的经验后下定决心整合IDE!!!感谢各位互联网大佬的分享和AI的帮助下边就开始我的流程吧本总结基于ai协助1️⃣ 安装 RUbuntu 自带的apt版本可能比较老建议从CRAN 官网仓库安装最新 R ubuntu版本(我现在使用的是R最新的4.5版本)。通过 CRAN 安装可以保证兼容最新包和 Bioconductor 包。2️⃣ 安装系统依赖Linux 下很多 R 包依赖系统库否则安装失败。常见依赖包括libcurl,libssl,libxml2,libsass, 编译工具等。sudo apt install -y libcurl4-openssl-dev libssl-dev libxml2-dev \ libfontconfig1-dev libjpeg-dev libpng-dev libtiff-dev libharfbuzz-dev \ libfribidi-dev libsass-dev build-essential3️⃣ 注册 R 内核到 Jupyter确保 VSCode 已安装Jupyter 扩展。在 R 中安装 IRKernel 并注册(bash中输入‘R’进入R语言环境后)install.packages(IRkernel) IRkernel::installspec(name ir, displayname R (WSL))在 VSCode Notebook 中选择R (WSL)内核即可运行 R 代码。4️⃣ 使用 pak 安装 R 包本文重点install.packages()安装到崩溃甚至怎么调整r版本和安装环境依赖都无济于事快来试试pak吧pak是 R 的智能包管理工具能自动解决依赖避免手动安装 Bioconductor 包和系统依赖。# 安装 pak 本身如果未安装 if(!require(pak)) install.packages(pak, repos https://cran.r-project.org) library(pak) # 使用 pak 安装常用 R 包 if(!require(BiocManager)) pak::pkg_install(BiocManager) if(!require(tidyverse)) pak::pkg_install(tidyverse) if(!require(stringr)) pak::pkg_install(stringr) if(!require(openxlsx)) pak::pkg_install(openxlsx) if(!require(clusterProfiler)) pak::pkg_install(clusterProfiler) if(!require(ComplexHeatmap)) pak::pkg_install(ComplexHeatmap) if(!require(pheatmap)) pak::pkg_install(pheatmap) if(!require(ggplot2)) pak::pkg_install(ggplot2) if(!require(ggrepel)) pak::pkg_install(ggrepel) if(!require(ggprism)) pak::pkg_install(ggprism) if(!require(ggbreak)) pak::pkg_install(ggbreak) if(!require(gg.gap)) pak::pkg_install(gg.gap) if(!require(paletteer)) pak::pkg_install(paletteer) if(!require(scico)) pak::pkg_install(scico) if(!require(nord)) pak::pkg_install(nord) if(!require(GEOquery)) pak::pkg_install(GEOquery) if(!require(DESeq2)) pak::pkg_install(DESeq2) if(!require(factoextra)) pak::pkg_install(factoextra) if(!require(GO.db)) pak::pkg_install(GO.db) if(!require(HDO.db)) pak::pkg_install(HDO.db) if(!require(org.Hs.eg.db)) pak::pkg_install(org.Hs.eg.db) if(!require(org.Mm.eg.db)) pak::pkg_install(org.Mm.eg.db)