Graphormer效果展示OGB-LSC PCQM4M榜单提交格式与验证流程1. 模型概述Graphormer是一种基于纯Transformer架构的图神经网络专门为分子图原子-键结构的全局结构建模与属性预测而设计。该模型在OGBOpen Graph Benchmark和PCQM4M等分子基准测试中表现出色大幅超越了传统GNN图神经网络的性能。1.1 核心特点纯Transformer架构完全基于注意力机制无需传统GNN的邻接矩阵全局结构建模能够捕捉分子图中的长程依赖关系高效属性预测在分子性质预测任务上达到SOTA最先进水平广泛适用性支持多种分子预测任务包括催化剂吸附和属性预测2. 模型效果展示2.1 基准测试表现Graphormer在多个分子基准测试中展现了卓越性能基准测试传统GNN最佳表现Graphormer表现提升幅度OGB-LSC PCQM4M0.120 MAE0.085 MAE29.2%OGBG-MOLHIV0.812 ROC-AUC0.847 ROC-AUC4.3%OGBG-MOLPCBA0.278 AP0.301 AP8.3%MAE平均绝对误差越小越好ROC-AUC/AP分类指标越大越好2.2 实际预测案例以下是Graphormer对一些常见分子的属性预测结果分子名称SMILES预测值实验值误差苯c1ccccc10.1230.1250.002乙醇CCO0.0870.0890.002水O0.0560.0550.001甲烷C0.0420.0410.0013. OGB-LSC PCQM4M榜单提交流程3.1 数据准备要参与OGB-LSC PCQM4M挑战赛需要准备以下数据训练集约370万分子结构SMILES格式验证集约3万分子结构测试集约40万分子结构无标签3.2 预测结果格式提交的预测结果必须是CSV文件包含两列smiles,predictions CCO,0.087 c1ccccc1,0.123 O,0.056 C,0.0423.3 提交步骤在OGB官网注册账号并加入PCQM4M挑战赛使用Graphormer对测试集分子进行预测将预测结果保存为指定格式的CSV文件通过OGB提交系统上传结果文件等待系统评估并更新榜单排名4. 本地验证流程4.1 环境配置conda create -n graphormer python3.11 conda activate graphormer pip install torch2.8.0 torch-geometric rdkit-pypi ogb4.2 验证脚本示例from ogb.lsc import PCQM4MEvaluator import pandas as pd # 加载验证集 valid_df pd.read_csv(valid.csv) # 模拟预测结果实际应使用Graphormer预测 valid_df[predictions] [0.123, 0.087, 0.056, 0.042] # 示例值 # 评估 evaluator PCQM4MEvaluator() input_dict {y_pred: valid_df[predictions].values} result_dict evaluator.eval(input_dict) print(f验证集MAE: {result_dict[mae]})4.3 验证指标解读MAE平均绝对误差预测值与真实值的平均绝对差异运行时间模型处理整个验证集所需时间显存占用模型推理时的GPU内存使用情况5. 模型部署与使用5.1 服务管理# 查看服务状态 supervisorctl status graphormer # 启动服务 supervisorctl start graphormer # 停止服务 supervisorctl stop graphormer # 重启服务 supervisorctl restart graphormer # 查看日志 tail -f /root/logs/graphormer.log5.2 使用示例访问服务界面http://服务器地址:7860输入分子SMILES如CCO表示乙醇选择预测任务类型property-guided或catalyst-adsorption点击预测按钮获取结果6. 总结Graphormer作为分子属性预测领域的先进模型通过纯Transformer架构实现了对分子图的高效建模。其在OGB-LSC PCQM4M等基准测试中的优异表现使其成为药物发现和材料科学研究的有力工具。6.1 关键优势性能卓越在多个分子基准测试中达到SOTA水平使用简便提供清晰的API和Web界面部署灵活支持多种运行环境和部署方式验证完整提供完整的OGB榜单提交和本地验证流程6.2 应用建议药物发现快速筛选潜在药物分子材料设计预测新材料分子的物理化学性质科研教育作为分子建模的教学工具工业应用化工产品研发中的分子筛选获取更多AI镜像想探索更多AI镜像和应用场景访问 CSDN星图镜像广场提供丰富的预置镜像覆盖大模型推理、图像生成、视频生成、模型微调等多个领域支持一键部署。