小提琴图绘制-Graph prism

news2025/6/4 15:31:19

GraphPad Prism 中为小提琴图添加显著性标记(如*P<0.05)的步骤如下:


步骤1:完成统计检验

  1. 选择数据表:确保数据已按分组排列(如A列=Group1,B列=Group2)。
  2. 执行统计检验
    • 点击工具栏 AnalyzeColumn analysesMann-Whitney test(非参数检验,适用于非正态数据)
      t-test(若数据符合正态分布)。
    • 在弹出窗口中勾选 Two-tailed(双尾检验)→ 点击 OK

步骤2:自动添加P值标记

  1. 返回图形界面,Prism会自动在结果表中生成P值(如P=0.003)。
  2. 手动转换为星号
    • 双击图形上的P值文本框 → 删除默认的P值文本。
    • 点击工具栏 Text toolT图标)→ 在合适位置添加文本:
      • * 表示 P<0.05
      • ** 表示 P<0.01
      • *** 表示 P<0.001
        (根据实际检验结果填写)

步骤3:添加显著性连线(可选)

  1. 点击工具栏 DrawLine,在两组之间绘制水平线。
  2. 调整线条位置和长度,使其指向分组的中心。
  3. 将星号文本移动到连线上方居中位置。

关键设置图示

  1. 统计检验选择
    外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传
  2. 星号标注示例
    外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传

注意事项

  1. 检验方法选择

    • 若数据符合正态分布(通过 AnalyzeColumn statisticsNormality test 检查),使用 非配对t检验Unpaired t-test)。
    • 若数据非正态,使用 Mann-Whitney检验(非参数检验)。
  2. 自动标注插件(Prism 9+):

    • 安装 Significance Stars 插件(需Prism 9及以上版本):
      ExtensionsAdd Extension → 搜索 Significance Stars → 安装后一键添加星号。
  3. 图形导出

    • 保存为PDF/TIFF格式(分辨率≥300 dpi)以确保印刷质量。

备选方案:R语言自动标注

如果Prism操作不便,可用R代码自动生成带星号的图形(需原始数据):

library(ggpubr)
ggplot(data, aes(x=Group, y=Value)) +
  geom_violin() +
  stat_compare_means(method = "wilcox.test", 
                   label = "p.signif",  # 直接显示星号
                   comparisons = list(c("Group1", "Group2")))

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