目的

将dcm数据格式（2D）转成nrrd数据格式（3D）
将一个文件夹下的dcm数据转成一个nrrd数据

代码

1. 安装必要包

pip install SimpleITK

2. 上代码

'''
Descripttion: 
Result: 
Author: Philo
Date: 2024-01-10 14:25:49
LastEditors: Philo
LastEditTime: 2024-01-14 20:14:56
'''
import SimpleITK as sitk
import os

def dicom_series_to_nrrd(input_folder, output_nrrd):
    # 使用SimpleITK中ImageSeriesReader类的GetGDCMSeriesFileNames方法获取指定文件夹中DICOM系列的文件名列表。
    dicom_names = sitk.ImageSeriesReader.GetGDCMSeriesFileNames(input_folder)  
    # 实例化了一个ImageSeriesReader对象，它用于按顺序读取DICOM文件
    reader = sitk.ImageSeriesReader()
    # 设置了reader对象的文件名列表，以便读取DICOM信息
    reader.SetFileNames(dicom_names) 
    # 调用Execute方法读取DICOM系列，将结果保存在dicom_series中
    dicom_series = reader.Execute() 
    # 使用SimpleITK的WriteImage方法将dicom_series写入到指定的NRRD文件中
    sitk.WriteImage(dicom_series, output_nrrd)

input_folder = "PAT005"
output_file = input_folder+".nrrd"
dicom_series_to_nrrd(input_folder, output_file)