
| 代码 | 名称 | 类型 |
| 1 | 秦岭山地生态功能保护区 | 水涵养生态功能保护区 |
| 2 | 若尔盖一玛曲生态功能保护区 | 水涵养生态功能保护区 |
| 3 | 滇西北生态功能保护区 | 水涵养生态功能保护区 |
| 4 | 珠江源(云南部分)生态功能保护区 | 水涵养生态功能保护区 |
| 5 | 雅鲁藏布江源头生态功能保护区 | 水涵养生态功能保护区 |
| 6 | 长江源生态功能保护区 | 水涵养生态功能保护区 |
| 7 | 黄河源生态功能保护区 | 水涵养生态功能保护区 |
| 8 | 阿尔泰山地生态功能保护区 | 水涵养生态功能保护区 |
| 9 | 天山山地生态功能保护区 | 水涵养生态功能保护区 |
| 10 | 西辽河源生态功能保护区 | 水涵养生态功能保护区 |
| 11 | 云南东川生态功能保护区 | 水土保持生态功能保护区 |
| 12 | 西南喀斯特生态功能保护区 | 水土保持生态功能保护区 |
| 13 | 三峡库区生态功能保护区 | 水土保持生态功能保护区 |
| 14 | 黄土高原生态功能保护区 | 水土保持生态功能保护区 |
| 15 | 黑河流域生态功能保护区 | 防风固沙生态功能保护区 |
| 16 | 阿尔金荒漠草原生态功能保护区 | 防风固沙生态功能保护区 |
| 17 | 阴山北麓-浑善达克沙地生态功能保护区 | 防风固沙生态功能保护区 |
| 18 | 科尔沁沙地生态功能保护区 | 防风固沙生态功能保护区 |
| 19 | 塔里木河流域生态功能保护区 | 防风固沙生态功能保护区 |
| 20 | 毛乌素沙地生态功能保护区 | 防风固沙生态功能保护区 |
| 21 | 伊犁--天山山地西段生态功能保护区 | 物种资源生态功能保护区 |
| 22 | 岷山一邛崃山生态功能保护区 | 物种资源生态功能保护区 |
| 23 | 横断山南部生态功能保护区 | 物种资源生态功能保护区 |
| 24 | 藏东南山地生态功能保护区 | 物种资源生态功能保护区 |
| 25 | 西双版纳生态功能保护区 | 物种资源生态功能保护区 |
| 26 | 桂西南石灰岩生态功能保护区 | 物种资源生态功能保护区 |
| 27 | 江西东江源生态功能保护区 | 水涵养生态功能保护区 |
| 28 | 南水北调中线工程水源区生态功能保护区 | 水涵养生态功能保护区 |
| 29 | 淮河源生态功能保护区 | 水涵养生态功能保护区 |
| 30 | 大别山山地生态功能保护区 | 水土保持生态功能保护区 |
| 31 | 太行山地生态功能保护区 | 水土保持生态功能保护区 |
| 32 | 洞庭湖区生态功能保护区 | 洪水调蓄生态功能保护区 |
| 33 | 鄱阳湖生态功能保护区 | 洪水调蓄生态功能保护区 |
| 34 | 沿淮河蓄洪区生态功能保护区 | 洪水调蓄生态功能保护区 |
| 35 | 武陵山山地生态功能保护区 | 物种资源生态功能保护区 |
| 36 | 京津水源涵养生态功能保护区 | 水涵养生态功能保护区 |
| 37 | 南水北调东段工程水源区生态功能保护区 | 洪水调蓄生态功能保护区 |
| 38 | 新安江上游水源涵养生态功能保护区 | 水涵养生态功能保护区 |
| 39 | 南岭山地生态功能保护区 | 水涵养生态功能保护区 |
| 40 | 海南岛中部山区生态功能保护区 | 水涵养生态功能保护区 |
| 41 | 黄河三角洲湿地生态功能保护区 | 物种资源生态功能保护区 |
| 42 | 长白山山地生态功能保护区 | 水涵养生态功能保护区 |
| 43 | 大兴安岭生态功能保护区 | 水涵养生态功能保护区 |
| 44 | 三江平原湿地生态功能保护区 | 洪水调蓄生态功能保护区 |
| 45 | 松嫩平原湿地生态功能保护区 | 洪水调蓄生态功能保护区 |
| 46 | 辽河三角洲湿地生态功能保护区 | 物种资源生态功能保护区 |
| 47 | 长江口生态功能保护区 | 海洋生态功能保护区 |
| 48 | 舟山群岛生态功能保护区 | 海洋生态功能保护区 |
| 49 | 珠江口生态功能保护区 | 海洋生态功能保护区 |
| 50 | 北部湾生态功能保护区 | 海洋生态功能保护区 |
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