MaxQuant 是一款定量蛋白质组学软件包，支持多种标记定量和无标定量的质谱数据。

1. 安装

MaxQuant下载方式：

• 通过官网 下载，包括andromeda（搜索引擎）+viewer（检查原始数据、鉴定和定量结果）。
• 通过conda下载，详见下面代码。（linux安装时推荐使用该方法）

conda create -n maxquant
conda activate maxquant
conda install -c bioconda maxquant

maxquant --help    # 查看命令行参数

此外，官网还提供了Perseus软件，用于对MaxQuant输出进行统计分析。

2. 用法

1）命令行方式（linux）

# 生成配置文件mqpar.xml
maxquant --create mqpar.xml

2. GUI方式（windows）

双击MaxQuant.exe，打开以下界面。

参数配置模块，具体如下。①原始数据：原始数据和实验设计的配置。②组特定参数：组参数的配置。③全局参数：全局参数配置。④性能：显示正在运行的具体步骤和动态。⑤可视化/viewer：数据可视化模块。⑥组态/Andromeda：配置修饰、酶，数据库ID规则等。

参考

MaxQuant goes Linux
2018年，作者发布了MaxQuant的linux版本（1.6.1.0）。该版本主要依赖mono。

MaxQuant Doc

【6】蛋白质组学鉴定定量软件之MaxQuant